证书查询系统的数据存储方式常见的有以下几种：
- 关系型数据库：如 MySQL、Oracle、SQL Server 等。关系型数据库使用表格来组织数据，通过关联不同表格中的数据，可以方便地进行查询、更新和管理，适合存储结构化的数据。
- 分布式数据库：将数据分散存储在多个节点上，以提高数据的可靠性、可用性和扩展性。分布式数据库可以应对大量数据和高并发查询的需求。
- NoSQL 数据库：例如 MongoDB、Cassandra 等。NoSQL 数据库适用于存储非结构化或半结构化的数据，具有高可扩展性和高性能的特点。
- 数据仓库：用于存储和分析大量的历史数据，以便进行数据挖掘、报表生成等操作。
- 云存储：将数据存储在云服务提供商的服务器上，可根据实际需求弹性扩展存储空间。
在实际应用中，选择哪种数据存储方式需要综合考虑数据量、查询性能要求、数据结构特点、系统扩展性以及成本等因素。同时，为了确保数据的安全性和完整性，还需要采取适当的数据备份、恢复和安全防护措施。
另外，根据《职业资格证书网上查询管理办法（试行）》的规定，证书数据采集可使用考务管理系统生成 jdx 文件直接入库，或按照证书数据采集表的字段内容，生成 excel 或 dbf 文件整理入库。并且，各地、各行业需将证书数据上传到相应的数据库中，采用集中式管理模式的证书数据，上传到部鉴定中心管理的数据库中；采用分布式管理模式的证书数据，上传到本省、本行业（企业）管理的数据库中。同时，规定证书数据每半个月上传一次，上传时需经相关人员审查并签字确认，任何部门或个人不得擅自上传、变更、删除网站数据库中的数据。各单位还需指定专职的信息化管理员负责证书数据的收集、整理、上传、备份以及日常维护等工作，并妥善保管证书数据上传的后台用户帐号和密码。
对于一些对安全性要求较高的证书查询系统，可能还会采用加密技术对数据进行加密存储，以防止数据泄露。此外，数据的备份和容灾机制也是保障数据安全的重要措施，以防止数据丢失或损坏。
